"Akademia Pana Kleksa" to uwspółcześniona wersja klasycznej bajki Brzechwy, przemawiająca swoją treścią i formą do najmłodszych, ale i wchodząca w dialog ze starszymi widzami, którzy wciąż pamiętają kultową ekranizację z lat 80. Film przedstawia historię pozornie zwykłej dziewczynki - Ady Niezgódki - która trafia do tytułowej Akademii, żeby poznać świat bajek, wyobraźni i kreatywności. Przy pomocy wybitnego i szalonego pedagoga profesora Ambrożego Kleksa rozwija swoje niesamowite umiejętności, a także wpada na ślad, który pomoże jej rozwikłać największą rodzinną tajemnicę…

Ada Niezgódka (Antonina Litwiniak) mieszka w Nowym Jorku i w swoje urodziny nagrywa film dla ojca, który zaginął wiele lat temu. Jest wściekła na matkę Anię (Agnieszka Grochowska), że zapomina o jej święcie i nadal poszukuje męża. Niespodziewanie odwiedza ją ptak Mateusz (Sebastian Stankiewicz), który podróżuje po świecie i ściąga do Akademii Pana Kleksa uzdolnione dzieci. Kiedy Ada dowiaduje się, że jest córką wielkiego mistrza, posiada niezwykłą moc i właśnie nadszedł jej czas, nie wierzy w te bajki, a tym bardziej w wyobraźnię. Przekonać ją próbuje sąsiad z piętra, Doktor Paj-Chi-Wo (Piotr Fronczewski), który wie o niej więcej, niż sądzi, i zachęca ją, by zmierzyła się ze swoim przeznaczeniem oraz rozwikłała tajemnicę zaginięcia ojca....